北京协和医学院是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点7个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、医理双博士、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士和管理学硕士等学位，每年授予博士学位人数位居全国医学院校首位。

一级学科国家重点学科（2个）
生物学、药学

二级学科国家重点学科（8个）
免疫学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、内科学

三级学科国家重点学科（2个）
外科学（胸心外）、外科学（骨外）

国家重点（培育）学科（1个）
外科学（普外）

国家中医药管理局重点学科（1个）
药用植物学

一级学科北京市重点学科（4个）
基础医学、临床医学、护理学、生物医学工程

二级学科北京市重点学科（3个）
神经病学、眼科学、流行病与卫生统计学

交叉学科北京市重点学科（1个）
转化医学

三级学科北京市重点学科（1个）
外科学（普外）